Durch den Einfluß seines Vaters gelang dies schließlich 1806, als Frederick 14jährig einen Platz als Seekadett auf der Fregatte Impérieuse unter Kapitän Lord Cochrane bekam. Dieses Schiff inspirierte ihn später zu zahlreichen Geschichten. Die Person Lord Cochranes war auch die Inspiration C. S. Forsters für seinen Horatio Hornblower und für Jack Aubrey aus der Aubrey-Maturin-Reihe von Patrick OBrian.
1811 rettete Marryat einen über Bord gefallenen Seemann vor der Küste des Gironde vor dem Ertrinken und brachten ihm eine Empfehlung von Lord Cochrane und eine Medaille der Royal Humane Society ein. Nach der Teilnahme am Britisch-Amerikanischen Krieg wurde er im Oktober 1812 für den Rang eines Leutnants vorgesehen, jedoch verzögerte sich die Beförderung bis zum Weihnachtsfest, da sich herausstellte, dass er nicht nach den Regeln der anglikanischen Kirche von England getauft worden war. Zwischen 1813 und 1815 zeigten sich erste Anzeichen von Bluthusten, die er sich vermutlich ursächlich duch seine Rettungstat 1811 eingefangen hatte.
1815 wurde er mit dem Ende der Kriege gegen Napoleon zum Fregattenkapitän (Commander) befördert und wurde Mitglied der Royal Society. 1819 heiratete er Catherine Shairp, Tochter des britischen Konsuls Sir Stephen Shairp, beide wurden Eltern von vier Söhnen und sieben Töchtern.
Nach 1820 befehligte er die Sloops Beaver und Rosario. Mit letzterer brachte er die Nachricht vom Tod des ehemaligen Kaisers Napoleon Bonaparte im Mai 1821 von St. Helena nach Europa und fertigte unmittelbar nach dem Tod Napoleons eine Skizze mit dessen Leichnam an, die erhalten geblieben ist und die im National Maritime Museum in London zu sehen ist. Von 1823 bis 1826 nahm er an der Expedition gegen Burma im Ersten Anglo-Burmesischen Krieg teil und übernahm die Fregatte Tees und wurde damit zum Kapitän zur See (Post-Captain) ernannt.
Nach einer letzten Expedition mit der Fregatte Ariadne zur Erkundung von Untiefen um Madeira und den Kanarischen Inseln 1929 war er wenig inspiriert und nahm 1830 seinen Abschied von der Seefahrt und widmete sich nur noch der Schriftstellerei. Neben seinen Seefahrer-Erlebnissen hatte er auch wissenschaftliche Studien betrieben und dabei unter anderem den Marryat-Signalcode für die Handelsschifffahrt und ein Rettungsboot entwickelt, für dessen Entwurf er die Goldmedaille der Royal Humane Society bekam.
Nach seinem autobiografischen Roman The Naval Officer (dt. Der Flottenoffizier), der noch während seiner Dienstzeit auf See entstanden war, schrieb er in kurzer Folge mehrere Romane mit maritimen Themen. Von 1832 bis 1835 leitet er zudem die Zeitschrift Metropolitan Magazine, in der mehrere seiner Romane in Fortsetzungen erschienen. Ab 1836 lebte er in Brüssel, Kanada und in den USA, diese Erlebnisse legte er alle in Erzählungen nieder. Nach seiner Rückkehr nach London 1839 machte er Bekanntschaft mit Schriftstellern wie Charles Dickens, Clarkson Stanfield und Samuel Rogers.
In den 1840er Jahren orientierte sich Marryat mehr am literarischen Markt und schrieb mehr für ein jüngeres Publikum, unter anderem vier sogenannte Robinsonaden.
1843 verließ er London und zog sich auf ein Landgut in Kangham, Norfol, zurück, wo er am 2. August 1848 nach jahrelangen gesundheitlichen Problemen im Alter von 56 Jahren starb. Sein letzter Roman The Little Savage (dt. Die Schiffbrüchigen auf den Chincha-Inseln) wurde von seinem Sohn Frank S. Marryat beendet.
Seine Person und sein literarisches Schaffen waren Vorbild für viele Schriftsteller wie Joseph Conrad oder Ernest Hemingway. Zu seinen Auszeichnungen und Ehrungen zählen der Ritter des Bathordens 1825 und das Großkreuz der Französischen Ehrenlegion 1833.
Die deutschen Titel seiner Romane wurden immer wieder geändert und die Romane teilweise für ein jugendliches Publikum umgeschrieben.
Historische Romane von Frederick Marryat:
- (1829) Der Flottenoffizier
The Naval Officer, or Scenes in the Life and Adventures of Frank Mildmay - (1830) Königs-Eigen
The Kings Own - (1832) Newton Forster - Im Dienst der Company (auch unter Die Macht des Schicksals oder Harry und Felizitas erschienen)
Newton Forster or the Merchant Service - (1834) Peter auf den sieben Meeren
Peter Simple - (1834) Die Abenteuer des Jakob Ehrlich
Jacob Faithful - (1835) Der Pascha
The Pacha of Many Tales - (1836) Seekadett Jack wird vernünftig (auch unter Seekadett Jack Freimut erschienen)
Mr Mishipman Easy - (1836) Japhet, der seinen Vater sucht
Japhet, in Search of a Father - (1836) Der Pirat
The Pirate - (1836) Die drei Kutter
The Three Cutters - (1837) Der Höllenhund
Snarleyyow, or the Dog Fiend - (1838) Rattling the Reefer (mit Edward Howard)
- (1839) Das Geisterschiff oder Der Fliegende Holländer (auch unter Das Gespensterschiff oder Der Fliegende Holländer erschienen)
The Phantom Ship - (1839) Tagebuch in Amerika
Diary in America - (1840) Olla Podrida
Olla Podrida - (1840) Der arme Jack
Poor Jack - (1841) Sigismund Rüstig
Masterman Ready, or the Wreck in the Pacific - (1841) Joseph Rushbrook
Joseph Rushbrook - (1842) Kapitän Kiene
Percival Keene - (1843) M. Violets Reiden und Abenteuer
Monsieur Violet - (1844) Die Ansiedler in Kanada
Settlers in Canada - (1845) Die Mission, oder Scenen und Abenteuer in Afrika
The Mission, or Scenes in Africa - (1846) Der Kaperschiffer
The Privateersman, or One Hundred Years Ago - (1847) Kinder des Waldes, Flucht in den Neuwald
The Children of the New Forest - (1848) Die Schiffbrüchigen auf den Chincha-Inseln (posthum erschienen)
The Little Savage
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